Mε την προσπάθεια καθιέρωσης του Εθνικού Συστήματος Υγείας στη χώρα μας το 1983, επιχειρήθηκε για πρώτη φορά η άρση των ανισοτήτων μεταξύ κέντρου και περιφέρειας, με την πλήρη και ισότιμη παροχή υπηρεσιών υγείας στους ΄Ελληνες πολίτες μέσα και έξω από το Νοσοκομείο, με την δυνατότητα πρόσβασης των χρηστών, την ποιοτική αναβάθμιση και την σωστότερη λειτουργία των Μονάδων υγείας.
Η άμβλυνση αυτή επιχειρήθηκε με τον Ν. 1397/83, όπου καθιερώθηκε η ανέγερση και λειτουργία νέων μονάδων - κέντρα υγείας και νέα Νοσοκομεία, για την εξειδικευμένη και υψηλού επιπέδου παροχή υπηρεσιών υγείας -δευτεροβάθμια, τριτοβάθμια. Μέσα σ' αυτό το πλαίσιο στρατηγικής ανάπτυξης των υπηρεσιών υγείας εντάχθηκε και η ανέγερση και λειτουργία του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Ηρακλείου (ΠΑΓΝΗ) .
Η σύμβαση κατασκευής του Νοσοκομείου κυρώθηκε με τον Νόμο 1398/7-10-83 και ανατέθηκε στην κατασκευάστρια Γερμανική εταιρεία Philipp Holzmann AG με επιβλέπουσα αρχή την Δημόσια Επιχείρηση Ανέγερσης Νοσηλευτικών Μονάδων (ΔΕΠΑΝΟΜ). Ο γηπεδικός χώρος του Νοσοκομείου είναι περίπου 84.000 τ. μ. Ένα μέρος, 65.475 τ.μ. περίπου, έχει παραχωρηθεί η κυριότητά τους από το Πανεπιστήμιο Κρήτης και τα υπόλοιπα έχουν απαλλοτριωθεί από το Υπουργείο Υγείας. Με τον παραπάνω Νόμο η κατασκευάστρια εταιρεία είχε αναλάβει να αποπερατώσει το έργο μέσα σε τριάντα πέντε (35) μήνες . Εκτός από τις κτιριολογικές και ηλεκτρομηχανολογικές εγκαταστάσεις η εταιρεία παρέδωσε το Νοσοκομείο με πλήρη ξενοδοχειακό και βιοϊατρικό εξοπλισμό.
Το συνολικό κόστος κατασκευής του Νοσοκομείου ήταν Τρία δισεκατομμύρια τετρακόσια σαράντα εκατομμύρια δραχμές (3.440.000.000).
Η συνολική κάλυψη του Νοσοκομείου ανέρχεται σε 60.837 τ.μ. και η δυναμικότητα κατά τη μελέτη κατασκευής σε 672 κλίνες .
Τα εγκαίνια έγιναν στις 21-5-89 από τον πρωθυπουργό της χώρας Ανδρέα Γ. Παπανδρέου ενώ η λειτουργία των πρώτων Εξωτερικών Ιατρείων είχε αρχίσει από 17-5-89. Ακολούθησαν τα εργαστηριακά τμήματα σταδιακά από 14-6-89 και τα νοσηλευτικά τμήματα από 21-10-89 με εξήντα (60) περίπου κρεβάτια. Από τότε μέχρι σήμερα το Νοσοκομείο βρίσκεται σε συνεχή ανοδική πορεία με την αύξηση των δραστηριοτήτων του σε όλα τα επίπεδα υγείας.
